在全面了解囊肿的大小、数目、位置以及肝脏和肝脏周围的有关脏器时，特别是对于需行手术治疗的巨大肝囊肿患者，CT检查对于手术的指导作用显然优于B超。一般情况下，肝囊肿患者并不需要作彩色超声及磁共振(MRI)检查。化验检查对肝囊肿的诊断价值不大。通常，肝囊肿并不导致肝功能的异常。但有时为了鉴别诊断,作某些血液检查仍然是必要的，特别是血液甲胎蛋白(AFP)检查,以排除原发性肝癌。

　　B型超声检查是诊断肝囊肿的首选方法。CT检查可明确非常囊肿的大小、部位、形态和数目。大的肝囊肿可因其所在部位不同，X线检查这样可显示膈肌抬高或胃肠受压移位等征象。多发性肝囊肿病人还应反而检查肾肺胰以及其他脏器有无囊肿(多囊病)或先天性畸形。小的肝囊肿而又无症状者不需特殊处理;大而又出现症状者，应予适当治疗。常用的方法有：囊肿穿刺抽液术。即在B型超声引导、严格无菌操作下进行穿刺，尽量抽尽囊液，但此法多需反复穿刺抽液。近来对单纯性肝囊肿多采用尽量抽尽囊液后，再注入无水酒精，破坏囊肿内壁上皮细胞以达到治愈目的。